Растительный мир Баткенской области богат полезными видами растений: в междуречье Исфаны и Ляйляка отмечены около 1050 видов сосудистых растений, относящихся к 425 родам и 73 семействам, среди которых 111 видов кормовых, 105 лекарственных, 40 пищевых, 60 медоносных, 75 декоративных, 25 видов эфирномасличных; имеются также дубильные, красильные и витаминоносные растения. С другой стороны, зарегистрированы 73 вида из категории ядовитых и вредных для человека и сельскохозяйственных животных.
Большинство видов флоры междуречья Исфаны и Ляйляка являются обычными. Восемь произрастающих здесь видов сосудистых растений редкие и занесены в «Красную книгу Кыргызской Республики». Это Eminium regelii, Tulipa affinis, Tulipa rosea, Petilium eduardii, Delphinium knorringianum, Rhodiola litvinovii, Sorbus persica и Acantholimon compactum. Ещё 33 вида являются редкими и нуждающимися в охране. Всего в Баткенской области произрастают 20–22 вида растений из 83 занесённых в Красную книгу.